雲林沿海超抽地下水，造成地層下陷速度位居全國之冠。雲林的地層下陷到底有多嚴重，最新下陷區虎尾地區尚未出現房屋低於路面；可是最近正值暑熱，每逢瞬間暴雨，虎尾地區就淹水，沿海四處可見墳墓、神廟泡在水中央，越靠近海岸區的房屋，早期的房屋已經下陷，新建的房屋紛紛墊高，就怕被被地層下陷吞沒。
口湖、台西原是美麗的海濱小鎮，但如今有一半土地被海水侵蝕，居民戲稱有如台灣「威尼斯」；台西鄉林姓鄉民說，以前走沒幾步就到達海岸，現在卻要騎車才能上到河堤，河堤越蓋越高，冰冷的水泥牆阻擋美麗海岸線，雖保障了鄉民的安全，但站上河堤一看，卻發現海岸線已遠高過地平面。而未來，堤防，還能再建多高？海水，還能阻擋多久？
另一頭，高鐵通車後，下陷最嚴重的就是雲林段，雲林縣政府與水利署為防止高鐵持續下陷，嚴格實施封井，2011年查封42口新增違法井，2012年又清查出雲林縣機關學校共91口深井，預計到明年內全數封井；至於水公司的186口民生用的深井，也計畫在尋找湖山水庫等新水源之後，逐步封填，降低地下水抽水量，減緩地層下陷速度。
但封井救高鐵，讓農漁民反彈激烈。高鐵下陷最嚴重的土庫地區，農民怨聲連連；在當地耕作數十年的老農王朝民說，高鐵一蓋，地層下陷，就要農民封井，實在沒道理，「吃飯重要？還是坐高鐵重要？」何況，自來水公司、工業區的高耗水工廠，抽用的地下水才嚇死人。
「如果50公尺以上的水井都要封，養鰻業只有死路一條！」全國養鰻規模最大的雲林縣口湖鄉業者更大罵，地層下陷不能全把責任推給養殖漁民，實在太不公平了。
農漁民強調，農田、魚塭既是合法，政府有責任給大家充足的水源，「怎能為了保高鐵而死農漁？」雲林沿海養殖業者林英等人也指出，地層下陷早在20年前就在講了，政府曾推動循環水，因設備成本高，沒幾人有能力投資，近年來養殖面積已減少，但水還是得抽。他們不反對封井救高鐵，只是水總得要用，高鐵要救，傳統產業也要生存。
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