清境高密度開發，引發安全疑慮，但中央與南投縣府會勘清境，僅4家民宿列入「優先處理」名單，外界質疑政府動作「雷大雨小」。學者認為，相較於廬山溫泉與力行產業道路，清境確實沒有立即危險，但近年氣候劇變，歷經921天搖地動，南投又是震央所在，潛在危害是否加劇，沒人敢斷言。
921大地震重傷南投，清境卻躲過災難。南投人更不服氣的認為，從強颱碧利斯、七二水災、八八風災，清境都平安度過，如今卻因《看見台灣》，讓清境成了千夫所指。民宿業者小楊說，清境曾連下20 天的雨，卻完全沒有積水，也沒有土石鬆動，顯示「有夠勇」；另一家業者美卡‧瓦歷斯更直言：「全台灣不只清境民宿蓋在山上，難道山崩土石流全是我們的錯？」
中興大學水土保持系教授段錦浩坦言，清境的確得天獨厚，民宿盤踞的山頭地基甚穩，上面沒有更高的山頭威脅，下面的台14甲線也堪稱穩固，「只要觀光客還能進去，清境就有生意做」。
但天災帶來的災難，看似突然，往往也是日積月累的結果。暴雨、地震、颱風，沒有帶來立即災害，卻不見得未對環境造成影響。段錦浩說，清境雖無立即危險，但「在八八風災前，也沒有人認為小林村有風險」。
中興大學水土保持系教授馮正一曾指出，清境屬於板岩區，是台灣比較輕度變質的區位，板岩區的劈理弱面很容易滑動，加上河谷下切，如遇地震或下雨，脆弱的地方容易滑動、崩塌，但地表上並不易發覺。
段錦浩也分析，921地震搖鬆了南投縣的山區地質，現在一下雨，帶走的土石比以前更多，清境下層的河水不斷沖刷，侵蝕由下而上，自然會拖動地表變化。
他更表示，清境房子蓋得越多，流到山下的水也越多，溯源侵蝕情況更嚴重；目前氣候變化劇烈，沒有人敢說南投是否禁得起風雨和地震。「大地能接受自然的崩塌，但人為增加恐怕會是壓垮駱駝最後一根稻草！」
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