聯合報系願景工程調查，八成二國立大學校長也認為教育部「管太多」，連龍頭大學台大要成立國際學院學程，也被教育部「打槍」；有頂大校長直言，「教育部不再管的時候，就是台灣高教起飛的時候。」
台大規畫增設採全英語授課的國際學士學程，原預計今年招生，希望用國際標準、參採SAT成績，但教育部對招生方式和名額都有意見，今年確定招不成。台大副教務長康仕仲說，台大目標是和國際一流大學爭取人才，才以SAT為選才標準，也會設法爭取外界贊助弱勢生，不會用到教育部經費，希望教育部不要以傳統思維看待此事。
台師大校長張國恩說，台師大一年校務支出五十五億元，教育部只補助十七、八億，其餘都是學校自籌，因此不太想申請教育部計畫經費，教育部給了錢就會下指導棋，管很多，有時還「接一個賠一個」。
中央大學校長周景揚表示，相較國外，台灣的大學管制「鉅細靡遺」，他贊同高教自由化，教部應鬆綁，外籍博士生招生應大步開放，就是要把全世界最好的人才吸納過來，「要招多少外籍生，應由大學自己作主。」
台灣科技大學校長廖慶榮表示，要辦好學校，經費是關鍵，但教育部很多經費都是競爭型經費，學校為了爭取計畫經費，教學研究和產學方向都必須配合計畫的方向走，就成為一種「強力制約」。
他舉例，高教深耕計畫雖說希望大學發展特色，但還是規定要「公共化」，或要求「升等必須百分之十五是教學升等」，高教深耕計畫是很大筆的經費，非爭取不可，最後每間學校都在做相同的事，這樣有意義嗎？
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