造成台鐵誤點，錯誤的政策也是幫凶。交通部為了彌補捷運建設的不足，十多年前開始推動台鐵「捷運化」政策，在北中南都會區普設通勤站，但這項欠缺配套、做半套的政策，隨著近年來更多通勤車站啟用，後遺症一一浮現，讓台鐵誤點雪上加霜。
捷運、台鐵雖然都是軌道設施，但功能、定位大不同，捷運肩負都會短途運輸角色，起停快速、班次密集是特性；台鐵設計以中長程運輸為主，為配合政策才扛起「類捷運」角色，但列車老舊性能差，閉塞區間設計落後，許多新設小站沒有待避交會功能，路線容量也不堪負荷，「慢車卡快車」戲碼天天上演，但列次不夠密集，速度快不起來，只是披上捷運的外衣，卻蹣跚依舊。
第一個推動捷運化的是台北基隆區間，停站數變多了、行車時間也愈拉愈長，讓往返北基間的台鐵通勤族更加不便。去年十月高雄鐵路地下化一口氣新增七個車站，雖然台鐵表示會開行停站數少的區間快車，但攤開班表，對號車及區間快車加起來的比率仍遠低於區間車，捷運化對住在端點居民不是福音而是噩夢。
除了回家的路變長了，捷運化增加站點，幾乎一、兩公里就一站，台鐵不只捷運化，甚至公車化；列車沿路開開停停，但許多列車動力系統不佳且引擎馬力小，起步及加減速性能差，每多停靠一次就增加一次誤點機率，加上快慢車全交織在同一條鐵道上，也拖垮效率。
台灣鐵道暨國土規劃學會副理事長任恆毅比喻，閉塞區間概念如同兩輛車走在無法超車的單行道，其中推拉式自強號等動力性能差的車像「烏龜」，卻是優等車，性能較好、啟動停站快速的電聯車則是跑車「瑪莎拉蒂」，偏偏「瑪莎拉蒂」必須待避等「烏龜」通過，瑪莎拉蒂想快也快不起來。
捷運化追求增加班次，但塞愈多車，就有愈多「瑪莎拉蒂」跟「烏龜」擠在路上，怎能不誤點？甚至不少新站未設待避線，讓調度更困難。
另外，高鐵及捷運採行的自動式閉塞，依列車性能調配前車與後車安全距離，在一定的道路容量裡塞進更多車；台鐵卻採傳統式閉塞，兩車維持固定安全距離，難以變通，成為捷運化難以落實的一大阻力。
路線容量利用率與列車穩定度是零和競賽，「利用率愈高，誤點機率愈高」。台鐵官員分析，捷運化以後路線容量利用率攀升，尤其假日「都是壓在點上開」，一旦出狀況，更易導致誤點。
鐵道專家、台師大地理系教授洪致文說，台鐵捷運化除了長途車穿插短途車問題，共用月台也造成混亂，但捷運化不必然造成誤點，重點是能否掌握人流與時間帶。然而台鐵未認真研究旅運行為，導致「所謂的捷運化只是多停站點，讓大家更晚到」。
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